Kantor Imigrasi Labuan Bajo berdiri sebagai bagian dari Direktorat JLabuan Bajoral Imigrasi, di bawah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia, yang bertugas menjalankan fungsi keimigrasian di wilayah Labuan Bajo. Kehadiran Kantor Imigrasi Labuan Bajo tidak terlepas dari upaya pemerintah untuk memperkuat pengawasan, pengelolaan, dan pelayanan keimigrasian, mengingat posisi strategis Labuan Bajo sebagai wilayah paling barat Indonesia yang menjadi pintu gerbang bagi interaksi internasional.
Awalnya, pelayanan keimigrasian di Labuan Bajo dikelola melalui cabang atau kantor pelayanan kecil yang berkoordinasi langsung dengan pusat. Namun, seiring meningkatnya kebutuhan masyarakat, pemerintah memutuskan untuk mendirikan Kantor Imigrasi yang mLabuan Bajoi di wilayah ini. Kantor Imigrasi pertama di Labuan Bajo resmi beroperasi pada pertengahan abad ke-20, tepatnya setelah Indonesia merdeka, sebagai bagian dari langkah awal modernisasi sistem imigrasi nasional.
Pada awal operasinya, Kantor Imigrasi Labuan Bajo hanya menyediakan layanan dasar seperti pengurusan paspor dan pengawasan terhadap keberadaan orang asing. Namun, dengan berkembangnya teknologi dan dinamika masyarakat, kantor ini terus bertransformasi. Pelayanan keimigrasian diperluas mencakup pengelolaan visa, izin tinggal bagi warga negara asing, hingga pengawasan terhadap lalu lintas orang yang masuk dan keluar melalui pelabuhan dan bandara di Labuan Bajo.
Reorganisasi dan modernisasi yang terjadi di lingkungan Direktorat JLabuan Bajoral Imigrasi juga berdampak pada Kantor Imigrasi Labuan Bajo. Dalam beberapa dekade terakhir, kantor ini mulai menerapkan berbagai inovasi digital, seperti antrean berbasis aplikasi dan layanan daring untuk pengurusan dokumen keimigrasian. Transformasi ini didorong oleh kebutuhan untuk memberikan layanan yang lebih cepat, transparan, dan akuntabel.
Hingga saat ini, Kantor Imigrasi Labuan Bajo terus berkembang menjadi institusi yang tidak hanya melayani masyarakat, tetapi juga mendukung pengawasan terhadap keamanan nasional melalui fungsi pengelolaan keimigrasian. Sebagai garda terdepan dalam pelayanan keimigrasian di wilayah Labuan Bajo, kantor ini berperan penting dalam mendukung hubungan internasional, melayani kebutuhan masyarakat lokal, serta memastikan kepatuhan terhadap regulasi keimigrasian di wilayah hukumnya.